Bảo tàng Cội Nguồn là bảo tàng tư nhân trên một triền đồi ở số 149 Trần Hưng Đạo, khu phố 7, khu Dương Đông cũ, nay thuộc đặc khu Phú Quốc. Bảo tàng mở cửa từ cuối tháng 4/2009 và gom vào một tòa nhà năm tầng những gì liên quan đến tự nhiên, lịch sử và đời sống của đảo. Báo Dân trí (2015) gọi đây là bảo tàng tư nhân đầu tiên ở Đồng bằng sông Cửu Long.

Người lập bảo tàng là một người con Phú Quốc, gia đình ba đời sống trên đảo. Theo Sài Gòn Giải Phóng (2008), ông bắt đầu sưu tầm từ đầu những năm 1990, năm 1997 mang về đảo 300 bộ tài liệu về Phú Quốc bằng chữ Hán, Việt, Anh, Pháp, năm 2002 thôi làm phó giám đốc một khách sạn để theo đuổi việc này và mở một phòng trưng bày nhỏ tại nhà trước khi lập bảo tàng. Bảo tàng hoạt động theo Luật Di sản văn hóa, chịu chỉ đạo chuyên môn của Cục Di sản văn hóa và Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Kiên Giang cũ.

Theo các bài báo 2010–2015, bảo tàng có khoảng 2.000 hiện vật, trong đó hơn 1.100 cổ vật đã được Hội đồng thẩm định cổ vật của Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Kiên Giang xác định. Khu trưng bày hơn 1.200 m² chia theo chủ đề: tự nhiên của đảo với gỗ hóa thạch tìm ở Bãi Thơm, san hô, xương cá voi; lịch sử khai phá và bảo vệ đảo; gốm cổ; mô hình tàu đắm cùng gốm Thái Lan thế kỷ 15–17 vớt từ tàu cổ đắm ở bờ đông đảo; đời sống và nghề của cư dân với xuồng tre, cối xay đá, tiền cổ. Có hai hiện vật gắn chuyện riêng: một mảnh của chiếc thuyền Nguyễn Trung Trực dùng đánh Pháp, bị đánh chìm ở Cửa Cạn, và bộ xương bò biển (dugong) mua lại từ một gia đình ở Bãi Thơm khi có người định mua nấu cao. Bảng chú thích in song ngữ Việt, Anh; tầng trên cùng nhìn ra biển.

Cần biết: thông tin công khai về bảo tàng phần lớn đến từ báo chí 2008–2015 và cổng du lịch cũ của Phú Quốc. Giờ mở cửa, giá vé hiện hành và số hiện vật hiện nay chưa có công bố chính thức cập nhật, bạn nên hỏi trước khi đến.

Bảo tàng hợp với người muốn có cái nhìn tổng quát về đảo trước khi đi các di tích, và là một lựa chọn trong nhà khi trời mưa. Nếu bạn muốn tìm hiểu sâu một chương lịch sử cụ thể, Di tích lịch sử Nhà tù Phú Quốc, di tích quốc gia đặc biệt, là nơi nên dành thời gian hơn.