Thành lập ngày 16/1/2004, trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, nằm trong khuôn viên Viện ở số 18 Hoàng Quốc Việt.

Phòng trưng bày đầu tiên mang tên Tiến hóa sinh giới mở cửa ngày 15/5/2014, rộng khoảng 300m² trong tổng diện tích khoảng 1.000m² của bảo tàng, trưng bày gần 1.400 mẫu vật và đón khoảng 50.000 đến 70.000 lượt khách mỗi năm.

Kho của bảo tàng có hơn 100.000 mẫu vật, gồm cả mẫu chuẩn của các loài mới được công bố, sừng tê giác, ngà voi cùng cơ sở dữ liệu trên 2TB. Trong số mẫu vật nổi bật có Chim Thủy tổ niên đại 154–135 triệu năm, bộ xương hổ Đông Dương, rắn hổ mang chúa, cá mặt trăng đuôi nhọn và cổ linh chi Ninh Bình.

Hiện vật khiến nhiều người đến đây nhất là tiêu bản Rùa Hồ Gươm, hoàn thành chế tác năm 2019. Bảo tàng cũng có chiếu phim khoa học với bốn ca mỗi ngày và sáu bộ phim, nhưng yêu cầu tối thiểu 15 khách và phải đăng ký trước.

Vào cửa hoàn toàn miễn phí