Bảo tàng đóng vai trò nòng cốt trong công tác sưu tầm, lưu giữ, nghiên cứu và giới thiệu di sản văn hóa, lịch sử tự nhiên và con người vùng đất cực Nam Tổ quốc.

Không gian trưng bày bảo lưu hàng ngàn tài liệu, hiện vật, cổ vật phản ánh chiều sâu lịch sử khai phá, sự giao thoa văn hóa độc đáo của ba dân tộc Kinh - Khmer - Hoa, cùng chặng đường đấu tranh cách mạng kiên cường.

Ngoài trưng bày cố định, bảo tàng thường xuyên tổ chức các triển lãm chuyên đề ý nghĩa, tiêu biểu như triển lãm tư liệu khẳng định chủ quyền biển đảo "Hoàng Sa, Trường Sa của Việt Nam – Những bằng chứng lịch sử và pháp lý"